Bei der Therapie einer HIV-Infektion sowie Aids wird zweigleisig vorgegangen: Sobald opportunistische Infektionen auftreten, werden diese entsprechend medikamentös behandelt. Sinkt die Zahl der CD4-Zellen unter einen bestimmten Grenzwert, erhalten die Patienten so genannte antiretrovirale Medikamente. Diese Arzneimittel können die Krankheit nicht heilen, sie können jedoch das Leben der Betroffenen deutlich verlängern und ihre Lebensqualität verbessern. Die Industrieländer verfügen mittlerweile über ein großes Spektrum an spezifischen antiretroviralen Medikamenten, die durch eine Hemmung der Virusvermehrung zu einer Rückbildung der HIV-bedingten Symptome führen und einer Verschlechterung des Krankheitsprozesses entgegenwirken. Unterschiedliche Stoffgruppen bieten eine Vielfalt von Behandlungsmöglichkeiten. Um eine größtmögliche Wirkung zu erzielen und der Bildung von Resistenzen entgegenzuwirken, werden in der Regel drei verschiedene Präparate miteinander kombiniert (Dreifachtherapie). Auch schwangere HIV-positive Frauen erhalten vor der Geburt eine antiretrovirale Behandlung. Die Übertragungsrate des Virus kann dadurch deutlich gesenkt werden.
In ärmeren Ländern sind diese Medikamente aufgrund ihres extrem hohen Preises häufig nicht verfügbar. 1999 hat Ärzte ohne Grenzen deshalb eine Kampagne ins Leben gerufen, die den Zugang zu unentbehrlichen Medikamenten überall auf der Welt nachhaltig sichern soll ("Medikamentenkampagne"). Im Rahmen dieser Kampagne hat die Organisation mehrere Pilotprojekte gestartet, in denen die HIV/Aids-Patienten neben der Therapie opportunistischer Infektionen auch antiretrovirale Medikamente erhalten. Damit zeigt Ärzte ohne Grenzen, dass es möglich ist, diese Arzneimittel auch unter einfachen Bedingungen in ärmeren Ländern erfolgreich einzusetzen.
Darüber hinaus erhalten die Patienten umfangreiche psychosoziale Unterstützung, die in Zusammenarbeit mit den einheimischen Mitarbeitern und Organisationen erfolgt. Dabei soll der Zugang zu angemessener Pflege sichergestellt und jegliche Form der Diskriminierung ausgeschlossen werden. Dies ist besonders bei Menschen wichtig, die ohnehin bereits zu den sozialen Randgruppen zählen, wie Prostituierte und Straßenkinder.