Für Patienten, die mit TB und HIV infiziert sind, hat Ärzte ohne Grenzen sogenannte „One-Stop“-Angebote eingeführt. Im Sinne einer integrierten Versorgung von TB und HIV/Aids werden unter anderem alle HIV/Aids-Patienten systematisch auf Tuberkulose untersucht. Ebenso erhalten alle TB-Patienten die Möglichkeit, sich auf HIV testen zu lassen. Ärzte ohne Grenzen arbeitet mit den lokalen Gesundheitsbehörden auch daran, das Basisgesundheitssystem zu stärken, indem Labortätigkeiten und Medikamentenlieferungen, die Infrastruktur sowie die Überwachung und Supervision der Programme verbessert werden.
Von 2006 bis Dezember 2008 werden 39.500 HIV-Tests durchgeführt, und mehr als 4.300 Patienten beginnen ihre antiretrovirale Therapie. Die klinischen Ergebnisse der ersten beiden Jahre sind sehr ermutigend: 86 Prozent der Erwachsenen und 93 Prozent der Kinder werden nach zwölfmonatiger Behandlung mit antiretroviralen Arzneimitteln weiterhin versorgt. Außerdem sinkt die HIV-Übertragung von der Mutter auf das Kind auf weniger als fünf Prozent der Schwangeren, die sich vorbeugend behandeln lassen. Die Genesung von Tuberkulose hat sich zudem verbessert: 2008 liegen die Therapie-Erfolgsraten bei 78 Prozent.
Von Anfang an ist es das Ziel von Ärzte ohne Grenzen, die HIV/Aids-Versorgung und Behandlung in die Gesundheitszentren zu dezentralisieren. Denn die Hospitäler, die eine stationäre Versorgung mit antiretroviralen Medikamente anbieten, sind sehr voll. Es gibt zudem nur wenig medizinisches Personal, und viele Patienten können sich kaum solch eine medizinische Versorgung leisten. Dezentralisierung bedeutet, die HIV/Aids-Versorgung und Behandlung so nah wie möglich an den Wohnort der Patienten heranzubringen sowie sicherzustellen, dass die Therapie kostenlos ist. Dafür werden Pflegekräfte fortgebildet, die auf hohem Niveau die klinische Verantwortung für die HIV/Aids-Versorgung übernehmen sollen. Dazu gehört auch, Kindern und Erwachsenen antiretrovirale Medikamente zu verschreiben und ihre Therapie durchzuführen. Zudem werden Laienberater – vor allem Menschen, die selbst mit HIV/Aids leben – ausgesucht und trainiert, um das Klinikpersonal zu unterstützen. Eine ganz wesentliche Aufgabe ist hierbei, dass sie bei HIV/Aids- und TB-Patienten darauf achten, dass diese ihre Medikamente regelmäßig einnehmen. Ende Dezember 2008 arbeiten rund 45 Laienberater in den 15 Einrichtungen, die Ärzte ohne Grenzen unterstützt.
Die Organisation setzt sich auch dafür ein, dass Patienten in basismedizinischen Einrichtungen keine Gebühren zahlen müssen. Das bedeutet, dass Ärzte ohne Grenzen zunächst für alle wichtigen HIV/Aids-Aktivitäten im Einzugsbereich des Scott-Hospitals aufkommt. Dazu gehören Medikamente und andere Materialien, Laboruntersuchungen, Geräte und Krankenhausgebühren. Im Januar 2008 schafft das Gesundheitsministerium tatsächlich alle Gebühren auf der Ebene der basismedizinischen Versorgung ab. Es senkt auch die Beiträge für andere Dienstleistungen auf Distriktebene. Dennoch sind die verbleibenden Kosten so hoch, dass sie eine Hürde für die medizinische Versorgung darstellen. Davon betroffen ist auch die Diagnose von Tuberkulose.
Ziel des Programms, das von Ärzte ohne Grenzen im Scott-Krankenhaus unterstützt wird, ist es, ein Modell zu entwickeln, dass sich auch anderswo anwenden lässt und nachhaltig ist. Gleichzeitig sollen möglichst viele Patienten eine antiretrovirale Therapie starten. Die erste Dreijahresphase endet bald. Das Programm befindet sich daher im Zustand der Übergabe: Ärzte ohne Grenzen wird nach und nach bis Ende 2010 alle Verantwortlichkeiten an das Gesundheitsministerium und andere lokale Partner übergeben.
Ärzte ohne Grenzen ist seit 2006 in Lesotho aktiv.